虽然玛瑙与玉髓被称为姐妹石，但对于玛瑙和玉髓来说，收藏价值差别很大。但由于玛瑙和玉髓组成矿物质大体相同，外表也相似，所以人们经常把玉髓和玛瑙相混淆，不知道如何才能正确区分玛瑙和玉髓。
1、玛瑙和玉髓的区别之一在于物理结构的不同：
玉髓与玛瑙虽然同属于石英的一种，但是因为各自的形成条件不同，所以内部结构也截然不同。玉髓属于含水石英的隐性晶体，和水晶十分接近，玻璃到油脂光泽，通透感极强，但玛瑙却是脱水二氧化硅的胶凝体，具玻璃光泽，通透稍逊与玉髓。
2、玛瑙和玉髓的区别之二在于条纹的不同：
玛瑙属于中低档玉石原料，隐晶质结构（也就是说看不到结晶体的颗粒），有明显的带状条纹，玻璃光泽，是很容易分辨的。需要注意的是玛瑙和玉髓的区别，玛瑙隐晶质，有明显的条带纹理，玻璃光泽，而玉髓是微晶质，没有条带状纹理，玻璃到油脂光泽。
3、玛瑙和玉髓的区别之三在于是否有纹带花纹：
玉髓其与玛瑙的区别就在于是否有纹带花纹。严格地讲，没有纹带花纹的特征。只能称为“玉髓”，为能称为玛瑙。但在现在的市场上，一些没有纹带花纹的玉髓也被当成“玛瑙“，这与古代玛瑙的含义是不相符的。在玉髓中许多是玉石原料，因其颜色的不同，分为：红玉髓（亦称英卡石）、葱绿玉髓、血玉髓（亦称血石）和碧石（以前亦称碧玉）等。
4、玛瑙和玉髓的晶体构造不同：
玉髓是隐晶质集合体，内部分子微小，肉眼观察不到，所以十分细腻，它以乳房状或钟乳状产出，常呈肾状、鈡乳状、葡萄状等。玛瑙是经常混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，常见的为同心圆构造，颜色不一，视其所含杂质种类及多寡而定，通常呈条带状、同心环状、云雾状或树枝状分布。
